上海公司的新能源车办理营运证需要遵循以下步骤：
1. 首先需要办理道路经营许可证。在此过程中，需要提交车辆照片3张、车主身份证、行驶证原件、驾驶员驾驶证、从业资格证原件、车辆注册登记证书等资料。
2. 拿到道路经营许可证后，需要办理工商营业执照和税务登记证，需要携带相关证件到车辆管理所上牌，领取营运证。
3. 在办理工商营业执照和税务登记证的过程中，需要准备车辆照片2张、车主身份证、行驶证原件、驾驶员驾驶证、从业资格证原件、车辆注册登记证书等资料。
以上是新能源车办理营运证的基本流程，具体办理细节可能会因地方政策或车辆类型而有所不同，建议在实际操作中咨询相关机构以获得更准确的信息。
以杭州市为例：新能源车牌办理流程分为两种。
一是新车注册登记
2016年12月1日后，新能源车辆办理注册登记的，条件、程序和要求，与以前相同，即办理注册登记的，需先到本市税务部门取得缴税凭证或免税凭证，然后到市交通委额度审核窗口审核机动车额度，再到车辆管理所各分所登记服务站办理注册登记。
二是已登记的新能源机动车办理换发号牌手续
1、对已经登记的新能源汽车，按照自愿换领的原则，由车主自主选择是否换领新式号牌。可以申请换发的车辆清单会在互联网交通安全综合服务管理平台公示，公示范围内的车主可结合自身情况，自愿在互联网预约换领的地点和时间。
原专段号牌新能源车可直接申请换发号牌，非专段号牌新能源汽车需先到市交通委额度审核窗口确认额度，再进行互联网选号预约。
办理前需确保车辆不能有查封、扣押、被盗抢、达到强制报废标准、违法未处理、事故未处理等情形。
2、按网上预约的时间和地点办理换牌业务。将车辆开至办理地点并提交机动车所有人身份证明、机动车行驶证、机动车登记证书、机动车照片、车辆识别代号拓印膜、原机动车号牌。
扩展资料：
新能源汽车上牌必备资料
新能源车牌必须携带的 5 大证件(个人)：
1、 车主身份证原件 + 复印件(非深户最好带上居住证原件 + 复印件)；
2、登记证书原件(绿本)+ 复印件；
3、行驶证原件；
4、 机动车照片 2 张(45 度角)；
5、车架号拓印号 1 条。
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