青岛校区
哈尔滨工程大学青岛产学研基地项目位于青岛大学城，占地1300 亩，总投资26亿元，总建筑面积80 万平方米，设有1.5公里海岸线和码头，规划建设教育科研基地、人才培养基地、科技产业基地、产业孵化基地、软件研发基地及与船海相关的各项试验基地等功能设施，设有6个国家级重点实验室（其中工信部与海军装备部共建2个），办学规模1.2万人。项目建成后，将对山东半岛海洋能源开发利用、船舶设计生产制造技术、深远海工程技术、数字新传媒技术的发展提升发挥重要的推动作用。该项目将实施分期建设，一期工程已于2010年第二季度开工建设，总建设周期5年，建成后办学规模将超过12000人。
江北科技创新园
哈尔滨工程大学江北科技创新园计划占地约18万平方米（270亩），建筑面积27万平方米。创新园计划由应用技术研究基地、工程化研究基地、中试基地和实验基地四个主要功能分区组成，将建设船舶及海洋工程设计研究院、船舶动力工程研究院、光电技术研究院、新能源研究院、系统建模仿真研究院等。
国家大学科技园
哈尔滨工程大学国家大学科技园总投资6亿元人民币，园区占地7.6万平方米（114亩），建筑面积30万平方米，哈尔滨工程大学国家大学科技园是全国43个国家级大学科技园之一。
科技园园区由四部分组成：以科技大厦为主体的孵化创业中心；以哈尔滨软件园为主体的科技产品研发中心；以船舶电子大世界为主体的科技产品交易中心；以省博士后公寓为代表的精英聚居园区。科技园内的哈尔滨软件园、省博士后工作站及电子大市场独具特色。全国唯一一个大学科技园博士后工作站就设在哈尔滨工程大学国家大学科技园。
哈工程大学国家大学科技园，有入驻企业1100多家，年产值30多亿元。 “领航高科技，创造新生活”是哈尔滨工程大学国家大学科技园的发展主题。